同源寡聚体、异源寡聚体复合物（Homo- and hetero-oligomeric complexes）。同源寡聚体是由相同类型的多个蛋白质亚基组成的多聚体，每个亚基都是从同一个基因编码而来的。这些亚基具有相似或相同的氨基酸序列和三维结构。异源寡聚体是由不同类型的蛋白质亚基组成，每个亚基可能源自不同的基因。这些不同的亚基相互作用并组装成复合体。
专性复合物、非专性复合物（Non-obligate and obligate complexes）。专性复合物中的蛋白质成员之间的相互作用是高度特异的。专性复合物通常相当稳定，亚基之间不容易解离。非专性复合物中蛋白质间的相互作用不是必需的，它们可以在一定程度上独立存在和执行功能。
暂时、永久复合物（Transient and permanent complexes）。暂时复合物是临时形成的,在作用发挥完成后会解离。永久复合物长期稳定存在，不易解离。