一、 培训背景:
Rosetta是一套用于模拟大分子结构的综合软件，具有灵活、多用途的应用。包括蛋白质和核酸的结构预测、设计以及重塑。Rosetta的web服务器已经运行了数十亿的结构预测和蛋白质设计模拟，研究人员利用Rosetta可以更好地了解传染病、癌症和自身免疫性疾病的治疗方法，进一步应用于包括开发疫苗、新材料、靶向蛋白粘合剂和酶设计等。
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使学术研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性等。
近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。
应新老客户的培训需求，特举办“计算机辅助药物设计及分子动力学技术与应用”系列专题培训班，本次培训主办方为北京软研国际信息技术研究院，承办方为互动派（北京）教育科技有限公司，具体相关事宜通知如下：
二、 培训目录：
专题一：Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题
2023年7月28日-7月30日 线下北京（第1天报到，授课2天）
专题二：NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题
2023年8月04日-8月06日 在线直播（授课3天）
专题三：AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题
2023年7月29日-7月30日 在线直播（授课2天）
2023年8月05日-8月06日 在线直播（授课2天）
专题四：CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽等）
2023年8月11日-8月13日 在线直播（授课3天）
2023年8月18日-8月20日 在线直播（授课3天）
三、 培训特色：
1、本次系列课程共四个专题，专题一采用北京线下授课的形式，面对面教学，与老师及时进行沟通。专题二、专题三、专题四采用在线直播的形式，所有专题均建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求；
2、专题一课程以Rosetta软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。
3、专题二课程以NAMD软件为基础，以实例讲授和练习为主。从MD模拟流程、恒速/恒力拉伸动力学、基于伞形抽样的自由能计算、沿着反应坐标的自由能计算到深层的NAMD在生物技术计算中的应用与材料计算中的应用等。
4、专题三课程从AMBER程序入门学会编译方法，安装自己的AMBER可执行程序开始，依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取，并对经典文献进行复现分析等。
5、专题四课程带您一步步实操学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接（半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接）、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs 分子动力学模拟与结果分析，并以实例讲解与练习为主，达到即学即用效果，帮助学员系统掌握计算机辅助药物设计技术，助力学术研究；
四、 培训讲师：
Rosetta专题讲师：由国家双一流、985高校特聘研究员、博士生导师讲授。近五年发表SCI研究论文20余篇，获国际生物设计会议奖励(The International BioDesign Research Conference)。主持基金委蛋白质设计相关项目和科技部重点研发计划课题多项。主要擅长分子设计、分子模拟方法研究。
NAMD专题讲师：来自国家“双一流”建设高校，“211’工程。拥有近10年丰富的NAMD使用经验。以第一/通讯作者在《ACS advanced materials & interface》等国际top期刊发表论文数十篇。擅长领域：蛋白质分子动力学，蛋白质纳米材料相互作用机制，蛋白质测序等。
AMBER专题讲师：山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在国际知名期刊发表SCI论文50余篇。其中以第一作者发表的两篇JACS属于本领域顶级TOP期刊(一区论文，IF: 14.612)。主持国家自然科学基金及省部级课题多项。主要从事生物分子量化计算和分子动力学模拟研究，在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富的经验。
CADD专题讲师：由全国重点大学、国家“双一流”、“211工程”重点建设医药类高校副教授，硕士生导师讲授。发表SCI研究论文20余篇，主持和参与国家级、省部级自然科学基金项目多项。拥有多年新药分子设计和开发经验，主要擅长CADD、AIDD等药物设计方法研究。
五、 培训大纲：
请移至PDF内查阅，或移至公众号“科研软件大合集”查阅
原文链接： https://docs.qq.com/pdf/DTXplYkZVWGtMUndh
六、增值服务：
1. 凡报名学员将获得本次培训书本（或电子）教材以便提前预习及随堂电子资料；
2. 凡报名学员将获得课程相关Windows版本软件安装指导（一年有效期）；
3. 提供无限次回放视频：凡报名学员课程结束后可获得所学专题课程无限次回放视频；
4. 价格优惠：（优惠活动最终解释权归主办方）
1) 早鸟优惠：所有专题课程2023年7月10日前报名缴费均立减200元
2) 同一人报名两个及以上专题课程可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
5. 参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计与应用工程师》、《从头蛋白抗体设计及在药物研发中的应用工程师》、《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书；
七、报名费用：
Rosetta专题（两天）3300
NAMD专题（三天）3500
AMBER专题（四天）3900
CADD专题（六天）5900
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；
如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函；
福利赠送活动：
1) 报名缴费本期CADD专题课程，赠送AIDD专题（五天）、Gromacs专题（三天）、薛定谔专题（两天）任选其一的往期直播课程录播视频回放。
2) 报名缴费本期AMBER专题课程，赠送Gromacs专题（三天）、薛定谔专题（两天）任选其一的往期直播课程录播视频回放。
3) 报名缴费本期NAMD专题课程，赠送Gromacs专题（三天）往期直播课录播视频回放。
八、联系方式：
官方联系人:高老师
报名电话/微信：13784334157
报名QQ: 1670506339
【注】开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您微信。