Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用（篇二)
一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计
目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
1 蛋白质折叠与结构预测简介
1.1 主链二面角与二级结构
1.2 侧链堆积与三级结构
2 蛋白质设计简介
2.1 蛋白质设计的分类及应用
二. Rosetta基础
三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python
基础教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
3 Pose/mover/scorefunction
4 LINUX 入门命令
4.1 用户属组及权限 目录文件属性
4.2 LINUX基础命令 环境变量
4.3 shell常用命令练习
4.4 conda介绍
四． 结构扰动与结构优化
五．序列设计PackRotamer和FastDesign
目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。
5 Minmover, MC Mover, Fastrelax mover
5.1 Movemap
6 RosettaScript组成和要素
6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover
六. 蛋白-蛋白对接基础
目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
7 Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精细调整
7.3 FoldTreeAM10:00~10:50七. 抗体设计
目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
8 抗体结构文件的处理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗体抗原对接模型
8.3 CDR区优化
8.4 Framework区优化
案例实践：Ø SSD和MSD设计任务
八. CartisenDDG 突变扫描
九. RosettaScript应用
目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
9 序列与结构设计
9.1 Input和Output flags控制输入输出
9.2 CleanAtom结构预处理
9.3 ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons
9.4 ResFile等辅助文件
9.5 小改中改与大改
9.6 练习答疑
案例实践：Ø FastDesign设计任务
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