2023年5月12日-5月14日 线下北京（第1天报到，授课2天）
一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计
教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
1 蛋白质折叠与结构预测简介
1.1 主链二面角与二级结构
1.2 侧链堆积与三级结构
2 蛋白质设计简介
2.1 蛋白质设计的分类及应用
二. Rosetta基础
三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础
教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
3 Pose/mover/scorefunction
4 LINUX 入门命令
4.1 用户属组及权限 目录文件属性
4.2 LINUX基础命令 环境变量
4.3 shell常用命令练习
4.4 conda介绍
四． 结构扰动与结构优化
五．序列设计
PackRotamer和FastDesign
教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。
5 Minmover, MC Mover, Fastrelax mover
5.1 Movemap
6 RosettaScript组成和要素
6.1 Filter ResidueSelector
TaskOperation
6.2 DSSP/Disulfidize Mover
第二天
六. 蛋白-蛋白对接基础
教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
7 Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精细调整
7.3 FoldTree
七. 抗体设计
教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
8 抗体结构文件的处理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗体抗原对接模型
8.3 CDR区优化
8.4 Framework区优化
案例实践：
Ø SSD和MSD设计任务
八. CartisenDDG 突变扫描
九. RosettaScript应用
教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
9 序列与结构设计
9.1 Input和Output flags控制输入输出
9.2 CleanAtom结构预处理
9.3 ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons
9.4 ResFile等辅助文件
9.5 小改中改与大改
9.6 练习答疑
案例实践：
Ø FastDesign设计任务
Rosetta专题讲师：由国家双一流、985高校特聘研究员、博士生导师讲授。近五年发表SCI研究论文20余篇，获国际生物设计会议奖励(The International BioDesign Research Conference)。主持基金委蛋白质设计相关项目和科技部重点研发计划课题多项。主要擅长分子设计、分子模拟方法研究。
报名费用（含报名费、培训费、资料费）：线下课程食宿可统一安排，费用自理
Rosetta专题（线下两天）：3100
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质培训通知文件或会议邀请函
联系方式：
官方联系人:孟老师 电话：15932325652（微信同步）
报名QQ/VX: 1649805029
微信公众号：分子动力学学术交流
【注】：线上/线下开课前一周会务组统一通知；线上开课前一天会将直播上机账号发至您微信。
课程问答：问题：如何报名、缴费？
1、致电专门负责行政招生的老师报名，联系方式见本文件“第八条”。
2、填写下方附件报名回执表发送到专门负责行政招生工作的老师。
3、缴费支持对公转账、个人垫付（垫付费用可开具垫付证明，对公到账后实时退还垫付的费用）