CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽）大纲
CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽）
生物分子互作基础
蛋白数据库
蛋白结构分析
同源建模
小分子构建
小分子化合物库
生物分子相互作用Ⅰ
生物分子相互作用II
虚拟筛选
小分子格式转换
拓展对接使用场景（上）
拓展对接使用场景（下）
基于碎片药物设计
构效关系分析
分子动力学模拟
AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题
1 分子力学简介
1.1 分子力学的基本假设
1.2 分子力学的主要形式
2 分子力场
2.1 分子力场的简介
2.2 分子力场的原理
2.3 分子力场的分类及应用
3 LINUX 简介
3.1 用户属组及权限
3.2 目录文件属性
3.3 LINUX基础命令
3.4 LINUX环境变量
3.5 shell常用命令练习
4 AMBER简介和安装
4.1 GCC简介及安装
4.2 Open MPI简介及安装
4.3 AMBER安装运行
4.4 LIUUX操作练习
主要知识点
5 模型文件的预处理
5.1 模型来源简介
5.2 蛋白文件简介
6 模型文件的预处理
6.1 蛋白预处理
6.2 小分子预处理
6.3 AMBER力场简介
6.4 拓扑文件、坐标文件简介
6.5 top、crd文件的生成
6.6 tleap模块的使用
案例实践：
HIV-1复合物的预处理
7 能量优化、分子动力学模拟
7.1 能量优化意义以及方法
7.2 模拟温度调节意义及方法
7.3 溶剂模型分类及选择
7.4 动力学模拟输入文件的编写
7.5 运行分子动力学模拟
7.6 输出内容解读
7.7 练习答疑
案例实践：
HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
主要知识点
8 焓变计算
8.1 实验数据分析及检索
8.2 MM/PBSA结合自由能计算原理
8.3 GB模型讲解及分类
8.4 焓变输入文件的编写
8.5 焓变结果解读
9 熵变计算
9.1 Nmode计算熵变原理
9.2 熵变输入文件的编写
9.3 熵变结果解读
9.4 实验值与理论值对照分析
案例实践：
HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
10 3D可视化分析
10.1 VMD安装和使用
10.2 Pymol 安装和使用
11 构象分析
11.1 RMSD分析
11.2 B-Factory 分析
11.3 RMSF分析
11.4 RG分析
11.5 VMD动画展示
11.6 距离角度测量
11.7 溶剂可及表面积（SASA）
主要知识点
12 能量分析
12.1 残基分解（相互作用分析）
12.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
12.3 氢键网络（盐桥，pi-pi共轭等其它相互作用）
13 经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)
13.1 Nanoscale 2020, 12, 7134−7145.
(a) RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性
(b) 结合自由能的对比与分析
(c) 热力学积分计算相对结合自由能
(d) 氢键网络分析
(e) 残基分解预测热点氨基酸
13.2 Phys.Chem.Chem.Phys.
(a) 蛋白结构的同源建模
(b) 复合物构型的聚类分析
(c) 结合自由能的计算与对比
(d) QM-MM/GBSA方法的自由能计算