一般的聚合酶链式反应由20到35个循环组成，每个循环包括以下3个步骤：变性：利用高温（93-98℃）使双链DNA分离。高温将连接两条DNA链的氢键打断。在第一个循环之前，通常加热长一些时间以确保模板和引物完全分离，仅以单链形式存在。该步骤时间1-2分钟，接下来机器就控制温度进入循环阶段。退火，又称复性、降温贴合、缓冷配对、引子黏合：在DNA双链分离后，降低温度使得引物可以结合于单链DNA上。此阶段的温度通常低于引子熔点5℃。错误的退火温度可能导致引物不与模板结合或者错误地结合。该步骤时间1-2分钟。新技术的融合型核酸聚合酶在此阶段的温度会高于熔点3 5℃，仅需时间5 10秒。延伸：DNA聚合酶由降温时结合上的引子开始沿着DNA链合成互补链。此阶段的温度依赖于DNA聚合酶。该步骤时间依赖于聚合酶以及需要合成的DNA片段长度。传统的Taq估计合成1000bp大概需要1分钟、较新的Tbr（来自于嗜热菌Thermus brockianus）约40秒、商业公司生产的融合型聚合酶仅需约10-15秒。有修正功能的则会比较慢。参考自wikipedia，遵循 CC BY-SA 3.0协议。图片©Enzoklop遵循 CC BY-SA 4.0协议。

PCR聚合酶链式反应实验步骤

PCR实验图解
一般的聚合酶链式反应由20到35个循环组成，每个循环包括以下3个步骤：

变性：利用高温（93-98℃）使双链DNA分离。高温将连接两条DNA链的氢键打断。在第一个循环之前，通常加热长一些时间以确保模板和引物完全分离，仅以单链形式存在。该步骤时间1-2分钟，接下来机器就控制温度进入循环阶段。
退火，又称复性、降温贴合、缓冷配对、引子黏合：在DNA双链分离后，降低温度使得引物可以结合于单链DNA上。此阶段的温度通常低于引子熔点5℃。错误的退火温度可能导致引物不与模板结合或者错误地结合。该步骤时间1-2分钟。新技术的融合型核酸聚合酶在此阶段的温度会高于熔点3_{5℃，仅需时间5}10秒。
延伸：DNA聚合酶由降温时结合上的引子开始沿着DNA链合成互补链。此阶段的温度依赖于DNA聚合酶。该步骤时间依赖于聚合酶以及需要合成的DNA片段长度。传统的Taq估计合成1000bp大概需要1分钟、较新的Tbr（来自于嗜热菌Thermus brockianus）约40秒、商业公司生产的融合型聚合酶仅需约10-15秒。有修正功能的则会比较慢。